一、什麼是微生物肥料
微生物肥料，是指含有某種活微生物或酵素的固體或液體製劑，施用在種子、幼苗或土壤上，可加強營養之有效性或增加土壤中營養份，補充土壤中有益微生物數量，使土壤維持在良好生態環境下發揮功能。微生物肥料根據其作用基本上可分為固氮菌(包括共生、協生及非共 生固氮菌)、溶磷菌(包括真菌、放線菌及細菌類)、溶矽菌、菌根菌、促進作物生長之根圈微生物、分解菌、鐵物質生產菌、有機聚合物生產菌、複合微生物肥料、堆肥用微生物肥料等。
二、微生物肥料的功能：
(1) 固氮作用：
固氮根瘤菌包括共生、協生及非共生固氮根瘤菌，可以將空氣中的氮素固定為氨，轉變成落花生可以利用的氮化合物，此作用是直接增加土壤的氮素來源，並能替代或減少化學氮肥的施用。
(2) 溶解作用：
土壤中存有許多落花生不能利用的結合型營養元素，如磷、鈣、鐵等需靠根圈之溶解菌溶解後才能被利用，因此，溶解結合型營養元素的菌可以做為提供落花生營養再利用的功能，並可替代或減少化學肥料的施用，例如菌根菌。
(3) 增進根系營養吸收及生長的作用：
微生物肥料中有增進根系營養吸收及生長的菌，增加根系吸收能力及表面積，即可減少化學肥料的施用，提高土壤中的營養供應效率，如菌根菌。
三、微生物肥料的使用方法
微生物肥料的使用方法，依拌種劑的型態，可分為固氮根瘤菌液劑及菌根菌固劑兩種，分別說明如下：
(1) 固氮根瘤菌液劑拌種之方法：
將落花生種子與5~10倍稀釋液侵入或噴濕，使種子與液劑接觸，等風乾後再機械播種。
(2) 菌根菌固劑拌種之方法：
將落花生種子直接加入粘著劑及少量的水後，再加入固劑包覆種子，並機械播種。
四、對微生物肥料的討論
「微生物肥料」是否真的像宣傳般有神奇功效？台大農化系教授吳三和表示，不論是在加速堆肥的分解或是增進植物的生長方面，他認為這類的微生物肥料或試劑均沒有太大功用，民眾還是使用合格的有機堆肥來為植物添加養分。
吳三和表示，這類微生物產品以日本最多，但是連日本自己都在探討到底是否有特殊功效，一般植物使用這種微生物肥料後生長良好的效果，可能是歸功於照顧良好；而堆肥製造時間必須要六個月以上，一般快速分解而成的肥料，可能因時間不足，造成土壤不完全腐熟，仍帶有酸性，反而易使植物死亡。
