中興大學土壤環境科學系趙震慶教授指出，這類由人工培養的微生物製劑通常在培養環境時最適宜該生物生長條件，但是當他們被接種到土壤中時，將面臨充滿致死危機的環境，如同將溫室花朵拋棄在荒原中，且這些細菌在室溫中會逐漸死亡，降低到發揮作用的濃度之下，他對這些市售微生物肥料或試劑功能存疑。

　　趙震慶表示，市面上商品往往標示不明，通常只寫出含固氮菌、溶磷菌、堆肥分解菌各若干，更有甚者只寫出每克製劑含多少億萬微生物，其實每隨便抓一把土，每克土壤就有一百億以上的菌，且固然有不少有益作物生長之微生物，但也可能含有有害菌種，如不能清楚說明可能造成不少後遺症，大家在使用時要特別小心。

　　一位台糖研究人員表示，雖然曾有部份農場對此類微生物肥料持正面看法，但台糖曾作過研究，發現在促進堆肥快速分解上並沒有明顯功效，且各地土壤環境不同，能作用於國外作物、土地的微生物不一定能作用於台灣，甚至台灣各個土地環境也有所不同，這類微生物施用 必須要因地制宜才能發揮功用。