微生物肥料是以微生物的生命活动及其代谢产物使植物得到特定肥料效应的一种制品，含有大量土壤活性有益微生物、有机质、腐殖酸和氨基酸。其作用是提高植物营养元素供应水平，抑制病害，活化土壤中被固定的磷、钾等矿物营养，使之被植物吸收利用；帮助植物根系吸收水分及多种微量元素，加速作物秸秆腐熟，促进有机废物发酵利用；它们本身产生的各类植物生长素对植物还有促进生长的作用。
影响微生物肥料的四因素分别是温度、水分、营养、时间。它具有机肥的多效性和长效性, 化肥的速效性和微肥的增效性, 具有成本低、高效、安全、不污染环境等特点, 使用后可使粮食作物增产10%～30%, 瓜菜类增产20%～60% , 果树类增产20%～40%, 并达到绿色食品要求。
果树生长量大，产量相对较高，同时又是多年固定在一处生长，故而根际环境的优劣对其影响很大。近几年，由于人们对土壤的干扰越来越大，树龄增长、投入不足，根际环境越来越恶化，导致果树根腐病有逐年加剧的趋势。陕西果树区白水、合阳、澄城、蒲城（梨、苹果）、兴平、礼泉、泾阳等地果树根腐病发生严重，相邻省份甘肃天水、山西运城也发现了大面积的根腐果园。根腐病不仅在苹果、梨树上发生，桃树、葡萄、核桃等作物也都有发生。
经调查, 果树根腐病发病原因主要是：①土壤带菌；②连茬苗木带菌；③过量施用化肥，使土壤板结、酸化发病；④过量灌水，使土壤透气性差而发病；⑤管理不当，干旱、缺少有机肥、环剥过重、结果过多，使树势衰弱而诱发病害。
根腐病发生时，一般只有地上部症状明显时才能发现，此时治疗为时已晚。地上部症状出现后，树体即丧失结果能力，如果不及时治疗将逐步衰弱死亡，挖后重栽则可能引起侵染甚至毁园。过去防治根腐病主要侧重于药剂灌根，成本较高，有效期短，易于复发。
经多年观察实验，改良土壤、生物防治是治愈果树根腐病的唯一有效途径。具体方法：
㈠ 加强管理, 合理施肥改土。
施肥以基肥为主, 追肥为辅；以有机肥为主，无机肥为辅。另外，应深翻改土，提高土壤通透性，改果园清耕为生草种草，增加植被，清除枯枝落叶，减少病源基数，防止腐烂病危害削弱树势，诱发根腐病。对已发病的果园，应及时晾根、晒土、换土，隔离病源菌
